Хотя многие люди сейчас считают, что в данный момент заболевание COVID-19 протекает в более легкой форме и больше не представляет угрозы, коронавирус по-прежнему может представлять серьезную опасность. Это заболевание особенно опасно для людей с ослабленным иммунитетом, хроническими заболеваниями или пожилых людей.
Поскольку новые штаммы вируса продолжают появляться, он остается непредсказуемым. Например, вариант NB.1.8.1 (“Нимбус”) стал наиболее распространенным штаммом во всем мире. На его долю приходится почти четверть выявленных случаев - выше показателей LP.8.1 и XFG/Stratus. Такая быстрая эволюция вируса подчеркивает актуальность инструментов, позволяющих детектировать не только не только старые штаммы, но и новые варианты.
Антитела к нуклеопротеину (НП) SARS-CoV-2 нашей компании (клоны C706, C524, C518, C715 и C527) изначально были разработаны для распознавания различных ключевых мутаций вируса, в частности:
- Pirola и Eris;
- варианты FLiRT group KP.3, KP.3.3, KP.2 и KP.1.1;
- LB.1;
- KS.1.1;
- XEC (комбинация KS.1.1 и KP.3.3);
- недавно появившиеся варианты NB.1.8.1, LP.8.1 и XFG/Stratus (комбинация LF.7 и LP.8.1.2).
Мы собрали подробную информацию о всех штаммах в таблице ниже:
|
Мутации
|
Штаммы
|
Антитела компании Хайтест
|
|
D3L, R203K, G204R, S235F
|
Alpha (B.1.1.7)
|
Распознается всеми моноклональными (Кат. № 3CV4) и поликлональными (Кат. № PSN5) антителами Хайтест. Подробнее – см. Рисунок 1.
Эффективность отобранных пар подтверждена на образцах от пациентов/живых вариантах вируса:
· C524-C706, C518-C706 (см. таблицу 1)
· ; C715-C706
|
|
T2051
|
Beta (B.1.351); Epsilon (B.1.427 and B.1.429)
|
См. Таблицу 1 и Рисунок 3
|
|
P8OR, R203K, 0204R
|
Gamma (P.1)
|
· Две из трех мутаций такие же, как в альфа-варианте
· Мутация P80R: см. Рисунок 3
· Эффективность пары C715-C706 подтверждена на живом варианте вируса
|
|
D636, R203M, D377Y
|
Delta (B.1.617.2)
|
· D63G – см. Рисунок 3
· Две другие мутации расположены вне эпитопа наших ключевых клонов
|
|
R203M, D377Y
|
Kappa (B.1.617.1)
|
Мутации, локализованные за пределами эпитопа наших ключевых клонов
Все наши антитела должны распознавать штамм Каппа
|
|
P131, D31-33, R203K, 0204R
|
Omicron (8.13.529)
|
· Мутации, локализованные за пределами эпитопа наших ключевых клонов
· Все наши антитела должны распознавать штамм Омикрон - см. Рисунок 2.
|
|
PI3L, deI31/33, R203K, 0204R, S413R
|
Eris (E0.5)
|
Клоны C706, C524, C518, C715 и C527 (Кат. № 3CV4) должны распознавать варианты Pirola и Eris.
|
|
P131, deI31/33, R203K, 0204R, S413R
|
Pirola (BA.2.86);
|
|
P131, deI31/33, P15IS, R203K, G204R, S413R
|
Omicron (BA.4)
|
· Все наши ключевые антитела распознают штамм Omicron BA.4
· Мы сравнили НП SARS-CoV-2 Omicron BA.4 с НП дикого типа (оригинальным) и не обнаружили различий в распознавании МоАт C706, C524, C518, C715 и C527
· См. Рисунок 4
|
|
P13L, de131/33, R203K, G204R, Q229K, S413R
|
FLiRT group (KP.3, KP.3.3, KP.2, and KP.1.1)
|
Никаких дополнительных мутаций в участке N47-A173 нет, следовательно клоны C706, C524, C518, C715 и C527 (Кат. № 3CV4) должны распознавать варианты штамма FLiRT KP.3, KP.3.3, KP.2 и KP.1.1, LB.1, KS.1.1, XEC (комбинация KS.1.1 и KP.3.3), а также новые варианты NB.1.8.1, LP.8.1, XFG/Stratus (комбинация LF.7 и LP.8.1.2).
|
|
P13L, de131/33, R203K, G204R, Q229K, S413R
|
LB.1; KS.1.1;
XEC (combination of
KS.1.1 and KP.3.3)
|
|
P13L, de131/33, R203K, G204R, Q229K, S413R
|
NB.1.8.1, LP.8.1,
XFG/Stratus (комбинация LF.7 и LP.8.1.2)
|
|
Единичные мутации
|
Некоторые варианты
|
См. Рисунок 3
|
Дополнительные материалы
Таблица 1. Обнаружение штаммов вируса SARS-CoV-2 было протестировано с использованием двух рекомендованных пар моноклональных антител в ИХА. В качестве образцов были использованы мазки. Обратите внимание, что интенсивность окрашивания линий зависит от вирусной нагрузки, которая может варьироваться в зависимости от образца. Результаты показывают, что обе пары обнаруживают все три варианта вируса в ИХА. Источник: Данные предоставлены нашим покупателем.
Рисунок 1. Обнаружение рекомбинантного НП варианта Alpha в непрямом иммуноферментном анализе. Сигнал от рекомбинантного НП дикого типа (Кат. № 8COV3) был принят за 100%. Использовался рекомбинантный антиген 40588-V07E7 фирмы Sino Biological.
Рисунок 2. Обнаружение рекомбинантного нуклеопротеина штамма Omicron с помощью сэндвич-иммуноанализа с парами антител к нуклеопротеину SARS COV2. За 100% принимался сигнал от рекомбинантного нуклеопротеина дикого типа (Кат. № 8COV3). А) Рекомбинантный антиген штамма Омикрон, изготовленный нашей компанией для внутренного использования. Б) Рекомбинантный антиген штамма Омикрон производства компании Sino Biological.
Рисунок 3. Специфичность пар антител к НП SC к различным точечным мутациям. Сигнал от рекомбинантного НП дикого типа (Кат. № 8COV3) рассматривался как 100%.
Рисунок 4. Специфичность сэндвич-ИФА с использованием антител к НП SC к варианту omicron BA.4. Сравнение рекомбинантного НП дикого типа (Кат. № 8COV3) и НП SC варианта omicron BA.4 с in-house анализами Hytest A) C706- C715, B) C706-524, C) C706-518 и D) C706-C518+C524.
Рекомендуемые комбинации антител для разработки иммуноанализов на различных платформах
Мы рекомендуем включать в иммуноанализы больше двух различных антител для минимизации риска невыявления новых штаммов.
Вариант Alpha содержит делеции и мутации в белке spike, одна из которых находится в RBD-части белка (N501Y). Мы подтвердили, что все наши клоны к RBD обнаруживают вариант N501Y (рекомбинантный антиген) аналогично вирусу дикого типа.
Вариант Beta несет четыре мутации в своем спайковом белке (K417N, E484K, N501Y, D614G). Наши анти-спайковые клоны распознают рекомбинантный вариант спайкового белка аналогично вирусу дикого типа.
Вариант Gamma содержит три мутации в своем шиповидном белке (K417N, E484K, N501Y). Такие же мутации обнаружены в южноафриканском варианте, и, основываясь на результатах исследований с белком южноафриканского варианта, предполагается, что наши антитела к RBD распознают бразильский вариант аналогично вирусу дикого типа.
Рисунок 5. Обнаружение spike варианта Beta (рекомбинантного антигена) с помощью антител Хайтест к RBD. Сигнал от рекомбинантного RBD дикого типа (Кат. № 8COV1) был принят за 100%.
Свяжитесь с нами по телефону + 7 (495) 763-53-33 или по почте
sales@hytest.ru для получения дополнительной информации и заказа.
